癌癥臨床檢驗(yàn)高通量基因測序解決方案

更新時(shí)間：2018-04-20瀏覽：3025次

TruSeq Amplicon - Cancer Panel（TSACP）

Illumina公司的泛癌panel通過高度多重靶向重測序方法，使用212個(gè)擴(kuò)增子靶向48個(gè)基因檢測癌癥基因組數(shù)百個(gè)突變熱點(diǎn)中的體細(xì)胞突變。適合臨床快速地發(fā)現(xiàn)、驗(yàn)證和篩選癌癥相關(guān)遺傳變異。

TSACP臨床應(yīng)用可行性驗(yàn)證文獻(xiàn)

文章驗(yàn)證了TruSeq Amplicon - Cancer Panel（TSACP）應(yīng)用臨床實(shí)驗(yàn)室的可行性

Validation of a Next-Generation–Sequencing Cancer Panel for Use in the Clinical Laboratory

Birgitte B. Simen, et al. doi: 10.5858/arpa.2013-0710-OA

文章背景：新一代測序的發(fā)展方便了小樣本多基因突變的高通量處理和高靈敏檢測。對于包括癌癥在內(nèi)的多種疾病，了解病人目標(biāo)基因全面的突變情況有助于護(hù)理、臨床試驗(yàn)以及進(jìn)一步研究。

目的：驗(yàn)證一個(gè)泛癌的高通量檢測是否適合臨床使用。

設(shè)計(jì)：從68份臨床樣本和5份正常對照中提取DNA。其中64份用TruSeq Amplicon Cancer Panel（illumina公司）成功處理，運(yùn)行4次完成測序。數(shù)據(jù)使用4種不同filter設(shè)置分析（測序深度和突變頻率cutoff）。

結(jié)果：40個(gè)樣本構(gòu)建的文庫能在一次運(yùn)行中成功測序，并且測序深度足夠進(jìn)行穩(wěn)健的數(shù)據(jù)分析。使用臨床樣本和對照品的稀釋表明突變檢測靈敏度低至5%。檢測具備高重復(fù)性和可重復(fù)性，并且與臨床驗(yàn)證的Sanger測序結(jié)果100% 一致。使用 AmpliSeq Cancer Hotspot Panel（Thermo公司）做對比檢測，97% 的突變兩種panel都檢測到了。

結(jié)論：驗(yàn)證了TruSeq Amplicon Cancer Panel是一種高靈敏度、高通量的泛癌突變panel，作為癌癥相關(guān)42種基因熱點(diǎn)突變的檢測適合用于臨床檢驗(yàn)的常規(guī)使用。

方法和產(chǎn)品

DNA提取

血液和骨髓樣本DNA提取：QIAamp DNA Mini Kit （Qiagen公司）

FFPE樣本：QIAamp DNA FFPE kit （Qiagen公司）

FNA樣本：QIAamp DNA Micro Kit (Qiagen)

DNA定量：Qubit dsDNA BR assay（Thermo）

FFPE 和FNA樣本質(zhì)控：FFPE QC Kit（illumina）

擴(kuò)增子文庫制備：TruSeq Amplicon - Cancer Panel （illumina）

測序： MiSeq Reagent Kit（illumina）

Sanger測序等驗(yàn)證產(chǎn)品略

訂購信息

品牌	產(chǎn)品	貨號	規(guī)格
Qiagen	QIAamp DNA Mini Kit	51304	50次
Qiagen	QIAamp DNA FFPE kit	56404	50次
Qiagen	QIAamp DNA Micro Kit	56304	50次
Thermo	Qubit dsDNA BR assay	Q32850	100次
Illumina	FFPE QC Kit	WG-321-1001	384次
Illumina	TruSeq Amplicon - Cancer Panel	FC-130-1008	96 樣本
Illumina	MiSeq Reagent Kit	MS-102-2002	300次